مهم ترین مزیت این روش جراحی آن است که با ورود آندوسکوپ نیاز به جراحی باز بینی برطرف شد. در واقع در مقایسه با قبل، مساله خطرات، احتمال آلودگی، جراحت و آسیب ناشی از تیغ جراحی به شکل قبل از بین رفته است. اکنون عمل جراحی در فضای بستهسینوس و با امکانات بهتر انجام می شود. استفاده از آندوسکوپی برای دسترسی به ناحیه گذر گاهی سینوس ها و پاک کردن این ناحیه از بیماری ، نقش کلیدی دارد.
علاوه بر این، جراحی پولیپ بینی و بازکردن مجراری سینوس از راه طبیعی بدون خارج شدن مخاط داخل بینی بیمار از دیگر محاسن این وسیله جراحی است. در جراحی های متداول، معمولا سینوس فکی از راه های غیر از مجرای اصلی سینوس، باز می شود. امروز ثابت شده است که جهت حرکت مایعات ترشح شده داخل سینوس، همیشه به سوی مجرای خروجی اصلی است و حتی اگر سوراخی بزرگ در محلی غیر از سوراخ اصلی ایجاد کنیم، باز هم ترشحات تمایل دارند، از همان سوراخ اصلی مسدود شده خارج شوند. این موضوع اهمیت باز کردن مجرای اصلی خروج ترشحات سینوس را نشان می دهد. در جراحی از طریق آندوسکوپ، این امکان وجود دارد که با داخل کردن آندوسکوپ به دورن بینی ، مجرای خروجی سینوس ها را از راه اصلی باز کنیم. مشکلات این عمل برای بیمار، بسیار کمتر از عمل هایی است که در آنها از روش های برش های زیر لب و برداشتن استخوان سینوس استفاده می شود. با این نوع عمل های جراحی می توان عملکرد سینوس را به حالت طبیعی برگرداند، از این رو به نام جراحی عملکردی آندوسکوپی هم معروف هستند.